بي‌ترديد ساختار سازماني بهينه و مطلوب يكي از ابزارهاي مناسب براي تحقق اهداف و استراتژي‌هاي تعيين شده توسط بخشهاي مختلف است و با تغيير برخي از اهداف، كشورهاي مختلف نسبت به تغيير ساختارهاي اداري و سازماني خود اقدام مي‌کنند. با اين حال بايد به اين نكته توجه کرد كه هرگونه تغيير غيرهدفمند در ساختار وزارتخانه ها بدون در نظر گرفتن اهداف آنها، داراي هزينه هايي از نظر اداري، ساختاري و مديريتي است و به واسطه ايجاد تشتت سازماني و هزينه‌هاي سربار، آسيب‌شناسي دلايل تغيير ساختار از اولويت بالايي برخوردار است.
صمد مرعشی معاون پارلمانی اتاق تعاون ایران و نماینده ادوار مجلس شواری اسلامی، با بیان این مطلب ابراز داشت: موضوع ادغام يا انفكاك دو وزارتخانه بازرگاني و صنايع و معادن با توجه به روابط علت و معلولي ميان اين دو بخش و ضرورت پرهيز از هرگونه بخشي‌نگري و تاكيد بر ارتباط متقابل بخش تجارت و توليد (صنعت و كشاورزي) بر يكديگر از اهميت به سزايي برخوردار بوده و در اين خصوص بايد به اهداف قبلي كه در ادغام‌ها و تفكيك ها بيان شده و سابقه تاريخي اين اقدام و مقايسه هاي تطبيقي و بين المللي توجه کرد
.
به گفته مرعشی ساختار مطلوب اين وزارتخانه بايد ضمن هماهنگي ميان سياستهاي كلان بازرگاني بتواند ضامن تدوين و اجراي استراتژي توسعه صنعتي در راستاي حمايت از توليد و اقتصاد مقاومتي باشد.
معاون پارلمانی اتاق تعاون ایران و نماینده ادوار مجلس شورای اسلامی، با تاکید به اهميت يكپارچگي ميان سياستهاي تجاري و توليدي و تجربه موفق اين ادغام در سال 1390 تا كنون به منظور رفع تعارض‌هاي ميان بخش توليد و تجارت به بيان دلایل موافقت با ادغام و مخالفت با انفكاك اين دو حوزه از يكديگر پرداخت. وی گفت: ضرورت ارتباط تنگاتنگ فعاليت‌هاي توليدي و بازرگاني و لزوم يكپارچگي زنجيره توليد تا مصرف براي نفوذ در بازارهاي جهاني و حمايت از توليد در راستاي سياستهاي كلي اقتصاد مقاومتي، لزوم توجه به نگاه سيستمي زنجيره‌‌اي شامل سياست‌گذاري، برنامه‌ريزي، تخصيص منابع، تامين، واردات، تنظيم بازار، توليد، فراوري، توزيع، مصرف، صادرات، نظارت در كنار يكديگر و پرهيز از نگاه جزيره‌اي بين توليد و بازرگاني، ضرورت هماهنگي ميان صادرات و واردات با بخش توليد صنعتي و كشاورزي، اهميت كوچك‌سازي حجم دولت و ممانعت از گسترش پستهاي دولتي با توجه به سياستهاي كلي اصل 44 همچنین سابقه بارها ادغام و تفكيك اين دو حوزه و توجه به اختلاف نظرها و تعارض‌هاي ميان وزراي اين دو بخش در زمان انفكاك، استفاده از تجربه اكثر كشورهاي توسعه يافته در تمرکز اختيارات سياست‌گذاري توليد و تجارت در يک وزارتخانه، ايجاد فضاي مناسبتر براي تدوين و تصويب استراتژي توسعه صنعتي و رژيم تجاري كشور در ساختار يكپارچه به منظور هماهنگي ميان برخي تعارض‌هاي ذاتي دو بخش بازرگاني و توليد، ايجاد زمينه مناسبتر براي جلوگيري از واردات بي رويه و واردات كالاهاي غيرضرور و مخرب توليد ملي در ساختارهاي يكپارچه، ايجاد زمينه مناسبتر براي ايجاد ارزش افزوده در بخش توليد و پرهيز از خام‌فروشي و ايجاد ارزش افزوده در بخش توليد، امكان كنترل بازار و كنترل قيمتهاي نسبي در بازار به خصوص محصولات كشاورزي به طوری که بررسی ها و تحلیل ها حاکی از آن است که دغدغه اصلی در تفکیک وزارتخانه، کنترل بیشتر بر قیمت ها و مداخله مستقیم دولت در تنظیم بازار است . رویکردی که در دهه های گذشته تکرار شده و عملاً مداخله مستقیم دولت در حمایت از تولیدکنندگان و مصرف کنندگان تأثیر مثبتی را رقم نزده است و بعضاً قیمت های بالا و رشد محدود را در اقتصاد ثبت کرده است. تجربه جهانی نیز حاکی از آن است که حمایت از حقوق مصرف کنندگان در یک فضای رقابتی در کنار نقش نهادها و انجمن های غیر دولتی میسر می شود. لذا چنانچه دولت می خواهد در تنظیم بازار موفق باشد، نیاز است در سیاست ها بازنگری کند همچنین به آسیب شناسی این عدم موفقیت بپردازد چاره آن تفکیک وزارت صنعت، معدن و تجارت نیست، امكان وضع نرخ‌هاي تعرفه و حقوق ورودي بهينه و متناسب با نياز توليدكنندگان در كشور، ضرورت توجه به آثار الحاق به برخي سازمان‌هاي جهاني مانند WTO بر بخشهاي توليدي و الزامات قانوني و فرادستي از جمله سياستهاي كلي اقتصاد مقاومتي و اجراي اصل 44 قانون اساسي و برنامه ششم توسعه از مهمترین دلایلی است که در خصوص موافقت با ادغام و مخالفت با انفكاك اين دو حوزه از يكديگر مطرح است.
از مرعشی در خصوص دلایل طرح دوباره پیشنهاد انتزاع وظایف بازرگانی از وزارت صنعت، معدن و تجارت سوال شد، وی ابراز داشت: به نظر می رسد یکی از دلایل طرح دوباره پیشنهاد انتزاع وظایف بازرگانی از وزارت صنعت، معدن و تجارت حجم بالای وظایف این وزارتخانه باشد در این باره ذکر این نکته ضروری است که وظیفه وزارتخانه صرفا سیاستگذاری و برنامه ریزی کلان و ایجاد ساختار مناسب در امور محوله است و امور اجرایی و تصدی گری اساسا می تواند به بخش خصوصی واگذار شود و حل مشکلات ناشی از بالا بودن حجم کاری مانند آن از طریق تغییر رویکرد در تصدی گری و اجرای کامل اصل 44 قانون اساسی امکان پذیر خواهد بود نه تشکیل وزارتخانه جدید.
وی افزود: جهت کوچک شدن وزارت صنعت، معدن و تجارت نسبت به واگذاری بسیاری از امور که هیچ ضرورتی برای وجود آنها در وزارت خانه نیست، مانند شرکت نمایشگاههای بین المللی، سازمان توسعه تجارت، سازمان حمایت از مصرف کنندگان و تولیدکنندگان، ستاد تنظیم بازار که می توان وظایف و تکالیف این بخش ها را به تشکلهای غیر دولتی مانند اتاق ها و غیره واگذار کرد که قطعا توسط بخش های غیر دولتی با هزینه ای کمتر و کیفیت بالاتر می توان امورات فوق را انجام داد. در این صورت بخش های بزرگ و حجیمی از وزارت صنعت، معدن و تجارت حذف و باقیمانده وزارت در حدی خواهد بود که براحتی قابل مدیریت و اداره خواهد بود.
به گفته نماینده ادوار مجلس شواری اسلامی، هزينه‌هاي تفكيك مجدد اين دو وزارتخانه با توجه به بي ثبات‌سازي ساختارهاي سازماني و تغيير مديريت ها و فرايندها و طولاني بودن زمان انفكاك و از بين رفتن زمان باقي مانده از دولت بيشتر از فوايد اين اقدام بوده و محتمل است با توجه به مشخص نبودن مدل اقتصادي و عدم تبيين استراتژي توسعه صنعتي و رژيم تجاري ثابت اين تغييرات سازماني مكرر موجب قرار گرفتن نظام اداري كشور در دور باطل تغييرات سازماني بي ثمر شود و با بزرگ شدن حجم دولت و ايجاد معاونت هاي جديد و ساختار تفصيلي و احياي برخي اختلافهاي مديريتي و آماري ميان وزارتخانه هاي توليدي و تجاري در تنظيم سياستهاي حمايت از توليد يا تنظيم بازار مشكلاتي ايجاد شود. از اين رو تبعيت ساختار سازماني از استراتژي و پارادايم حاكم بر كشور مبتني بر اقتصاد مقاومتي در كنار رويكرد تعامل با اقتصاد جهاني كه نيازمند يكپارچگي سياستهاي توليدي و تجاري است، با تفكيك مجدد اين دو وزارتخانه مغاير به نظر مي‌رسد.